Mitokondri DNA Dizi Verileri ile Filogenetik Analizler Çalıştayı

6-8 Eylül 2016 tarihlerinde, Boğaziçi Üniversitesi Çevre Bilimleri Enstitüsü’nde gerçekleştirilecek ve TÜBİTAK tarafından desteklenmekte olan bu üç günlük çalıştayda, mitokondri DNA (mtDNA) verileri kullanılarak yapılacak filogenetik analizlere odaklanılması planlanmaktadır. Çalıştayın ilk gününde laboratuvar eğitimi verilecek, ikinci gününde veri analizine odaklanılacak, üçüncü gününde ise uygulama yapılacaktır.

Çalıştay yüksek lisans ve doktora düzeyindeki öğrencilere açıktır. Başvuruları aşağıdaki linkteki form doldurarak 15 Mayıs 2016 tarihine kadar yapmak mümkündür.

https://form.jotformeu.com/60832624035349

Çalıştay programının ana hatları aşağıdaki gibidir:

1. Gün – mtDNA Laboratuvar Analizleri

i) Teorik bilgi verilmesi

ii) DNA izolasyonu

iii) PCR

iv) PCR temizleme

2. Gün – tDNA Filogenetik Veri analizleri

i) Dizi temizlenmesi ve hizalanması (Seqeuncher programı)

ii) Evrim modeli belirlenmesi (Jmodeltest programı ile)

iii) Filogenetik ağaçlar yapılması (Mega Programı ile)

iv) Haplotip ağı oluşturulması (Popart programı ile)

v) Popülasyonlararası farklılaşma hesaplamaları (Arlequin programı ile)

3. Gün - Uygulama

i) 114Z239 Kodlu TÜBİTAK projesinin mtDNA sonuçlarının paylaşımı

ii) Çalıştay katılımcılarına ham veri setleri verilerek kendi başlarına filogenetik analizleri yapmaları ve raporlamaları istenecektir.